A partir del 17 de junio de 2012, y después de las obras de mejora realizadas en la estación de Cotos, los trenes de la línea C-9 de Cercanías Madrid reanudan su itinerario habitual y vuelven a circular entre Cercedilla y Cotos, con parada en Puerto de Navacerrada.
Los horarios a partir del 17 de junio son los siguientes:
- Salida de Cercedilla a las 9.35h, 11.35 h, 14.35 h y 16.35h; con parada en Puerto de Navacerrada a las 10.01h, 12.01h, 15.01h y 17.01h y llegada a Cotos a las 10.16h, 12.16h, 15.16h y 17.16h.
- Salida de Cotos a las 10.43h, 12.43h, 15.43 y 17.43h, con parada en Puerto de Navacerrada a las 11.00h, 13.00h, 16.00h y 18.00 y llegada a Cercedilla a las 11.26h, 13.26h, 16.26h y 18.26h.


Lo que no indican en la información es que se recorta el número de viajes que realiza el tren, siendo ahora solo 4 viajes diarios, cuando antes se realizaban 5 viajes en días laborables y 8 en días festivos.
Recordando los horarios de 2011, en día laborable salían 5 trenes desde Cercedilla:
Han quitado el de las 18:35 (Vuelta desde Cotos a las 19:43). Era un tren que se utilizaba mucho, sobre todo para volver a Cercedilla y apurar un poco más el día en la Sierra.
Los fines de semana la reducción ha sido más drástica:
Antes había 8 trenes diarios, y ahora se reduce a la mitad, solo 4 trenes con el mismo horario que en los días laborables: 9:35, 11:35, 14:35 y 16:35. El problema aquí será la vuelta de Cotos a Cercedilla por la tarde, porque el de las 17:43 es el último (18:43 según la web).
En cuanto al transporte de bicicletas, en siguen con la absurda normativa de permitir solo 6 bicicletas por tren (son muy estrictos en su cumplimiento), por lo que con la reducción de trenes, serán muy pocos los afortunados que consigan subir a Navacerrada o Cotos con su bici.